Skip to content

Warianty SLCO1B1 i miopatia indukowana przez statyny – badanie genomewidów ad 5

1 miesiąc ago

201 words

Regiony genomowe związane z miopatią w badaniu stowarzyszenia Genomewide. Rysunek 1. Rysunek 1. Wyniki testów na trend w związku między myopatią a każdym SNP Mierzone w badaniu Stowarzyszenia Genomewide. Wartości P są pokazane dla każdego SNP mierzonego wśród 85 uczestników z miopatią i 90 dopasowanymi kontrolami, którzy przyjmowali 80 mg symwastatyny dziennie. Analizy oparte są na 316 184 z 318.237 SNP (99,4%) na Sentrix HumanHap300-Duo BeadChip (Illumina). Wynik powyżej poziomej czerwonej linii wskazuje na silny dowód skojarzenia (P <5 × 10-7). Badanie dotyczące związku genomewidu obejmowało 85 uczestników z podejrzeniem miopatii i 90 osób z grupy kontrolnej, z których wszyscy przyjmowali 80 mg symwastatyny na dobę (Tabela w dodatkowym dodatku). Analiza pojedynczego SNP dała jedno silne powiązanie miopatii z niekodującym SNP rs4363657 umiejscowionym w intronie 11 SLCO1B1 na chromosomie 12 (P = 4 x 10-9; P = 0,001 z poprawką Bonferroniego). Brak związku między miopatią a SNP w jakimkolwiek innym regionie dał nieskorygowaną wartość P mniejszą niż 10-5 (Tabela 2 i Figura 1). Częstość występowania allelu rs4363657 C wynosiła 0,13 wśród kontroli. Obliczyliśmy, że iloraz szans dla miopatii wynosił 4,3 (95% CI, 2,5 do 7,2) na kopię allelu C i 17,4 (95% CI, 4,8 do 62,9) wśród homozygotów CC w porównaniu z homozygotami TT. Było niewiele dowodów na odchylenie od równowagi Hardy ego-Weinberga. Ponadto wydaje się, że na wyniki nie wpłynęła podbudowa populacji lub inne potencjalne źródła systematycznych odchyleń: wartość chi-kwadrat dla rs4363657 była znacznie poza 95% przedziałem ufności dla wykresu kwantylowo-kwantylowego, podczas gdy wartości dla wszystkich z inne genotypowe SNP znajdowały się w tym przedziale ufności (patrz rysunek i sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Zestawienia statystyczne dla ekranu z genomewide znajdują się w repozytorium bazy danych National Institutes of Health Genotype and Phenotype (dbGaP) (numer dostępu, phs000141.v1.p1).
Genotypowanie kandydatów i analiza haplotypów
W świetle silnego związku między miopatią a rs4363657, zidentyfikowaliśmy dodatkowe SNP w obrębie SLCO1B1 i 20 kb sekwencji flankującej (10 kb w pobliżu proksymalnym i 10 kb w kierunku dystalnym od genu) przez ponowne sekwencjonowanie lub przez imputację z genotypowanych SNP. Tabela 2a w dodatkowym dodatku pokazuje związki z miopatią w sumie 56 genotypowanych i 141 imputowanych SNP w tym regionie. Spośród tych dwóch genotypowanych (i dziewięciu imputowanych) SNPs były w prawie kompletnym braku równowagi z rs4363657 (r2> 0,95 dla każdego). Ale wśród nich tylko rs4149056 (Val174Ala) w eksonie 6 było niesynonimowe (tj. Zmieniające kodowane białko): częstość występowania jego allelu C wynosiła 0,13 wśród kontroli, z ilorazami szans dla miopatii 4,5 (95% CI, 2,6 do 7,7) na kopię allelu C i 16,9 (95% CI, 4,7 do 61,1) wśród homozygotów CC w porównaniu z homozygotami TT (P = 2 × 10-9, z przypisanymi czterema brakującymi wynikami).
Zidentyfikowaliśmy pięć innych niesynonimowych wariantów w SLCO1B1, w tym trzy, które były względnie częste: rs2306283 (44% częstości allelu G w grupie kontrolnej), rs14545819 (18% częstości allelu A) i rs34671512 (8% częstości allelu C ) (Tabela 2a w Dodatku uzupełniającym)
[przypisy: patrycja mikula instagram, błędnik sitowy, dyżury aptek sandomierz ]

0 thoughts on “Warianty SLCO1B1 i miopatia indukowana przez statyny – badanie genomewidów ad 5”

  1. [..] odnosnik do informacji w naukowej publikacji odnosnie: implanty warszawa cena[…]

Powiązane tematy z artykułem: błędnik sitowy dyżury aptek sandomierz patrycja mikula instagram